«Назарбаев Университеті», «Назарбаев Зияткерлік мектептері» және «Назарбаев Қоры» мәртебесі туралы Қазақстан Республикасының 2011 жылғы 19 қаңтардағы Заңына сәйкес Университеттің басқару органдары:
- Жоғары қамқоршылық кеңес
- Университеттің Қамкоршылық кеңесі
- Университеттің атқарушы органдары


Университеттің, Зияткерлік мектептердің және Қордың жоғары басқару органы Жоғары қамқоршылық кеңес болып табылады, оны Жоғары қамқоршылық кеңестің төрағасы басқарады.
Жоғары қамқоршылық кеңестің құзыретіне Университеттің, Зияткерлік мектептер мен Қордың даму стратегиясын, жарғыларын; мүлікке билік ету тәртібін бекіту; Университеттің, Зияткерлік мектептер мен Қордың қамқоршылық кеңестерін қалыптастыру; Университетті, Зияткерлік мектептері мен Қорды қайта құру немесе тарату жатады.
Университет қызметіне жалпы жетекшілік ететін басқарушы орган Университеттің Қамқоршылық кеңесі.
Қамқоршылық кеңестің құзыретіне жылдық және орта мерзімді бюджеттерді бекіту; Университеттің атқарушы органының сандық құрамын айқындау, олардың басшылары мен мүшелерін сайлау, сондай-ақ олардың өкілеттіктерін мерзімінен бұрын тоқтату; тауарларды, жұмыстар мен көрсетілетін қызметтерді сатып алу ережелерін бекіту және Университеттің жарғысына сәйкес басқа да өкілеттіктер жатады.
Басқарушы кеңес
Университеттің Басқарушы кеңесі Университеттің ағымдағы қызметіне басшылық етуді жүзеге асыратын Университеттің алқалық атқарушы органы болып табылады. Басқарушы кеңес Жоғары қамқоршылық кеңес пен Қамқоршылық кеңестің шешімдерін орындауды ұйымдастырады, Қамқоршылық кеңеске есеп береді және олардың алдында өзіне жүктелген міндеттердің орындалуы үшін жауапкершілікте болады.
- Президент АОО «Назарбаев Университет»
- Провост
- Атқарушы вице-президент
- Медицина жөніндегі вице-президент – Медицина мектебінің деканы
- Вице-президент
- Вице-президент
- Вице-президент