В соответствии с Законом Республики Казахстан от 19 января 2011 года «О статусе «Назарбаев Университет», «Назарбаев Интеллектуальные школы» и «Назарбаев Фонд» органами управления Университета являются:
- Высший попечительский совет
- Попечительский совет
- Исполнительные органы


Высшим органом управления Университета, Интеллектуальных школ и Фонда является Высший попечительский совет, который возглавляет председатель Высшего попечительского совета.
В компетенцию Высшего попечительского совета входит: утверждение стратегии развития, уставов Университета, Интеллектуальных школ и Фонда; порядка распоряжения имуществом; формирование Попечительских советов Университета, Интеллектуальных школ и Фонда; реорганизация или ликвидация Университета, Интеллектуальных школ и Фонда.
Органом управления Университета, осуществляющим общее руководство деятельностью, является Попечительский совет Университета.
В компетенцию Попечительского совета входит: утверждение годовых и среднесрочных бюджетов; определение количественного состава исполнительного органа Университета, избрание их руководителей и членов, а также досрочное прекращение их полномочий; утверждение правил закупок товаров, работ, услуг; иные полномочия в соответствии с уставом Университета.
Управляющий совет
Управляющий совет Университета является коллегиальным исполнительным органом Университета, который осуществляет руководство текущей деятельностью Университета. Управляющий совет организует исполнение решений Высшего попечительского совета и Попечительского совета Университета, подотчетен Попечительскому совету и несет ответственность перед ними за выполнение возложенных на него обязанностей.
- Президент АОО «Назарбаев Университет»
- Провост
- Исполнительный Вице-президент
- Вице-президент по медицине – Декан Школы медицины
- Вице-президент
- Вице-президент
- Вице-президент